このサイトを見て、なんとなく書いてみました。
http://shinh.skr.jp/obf/hello_linux_elf_x64.out
アセンブリのコード
http://shinh.skr.jp/obf/hello_x64-104.asm
説明はこのへん
https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0AolcvzoWgN21dFRvYk0wWmg2bW5aNlN3M01ia01kamc#gid=2
104B てのは 64B の ELF ヘッダと 56B の program ヘッダが 16 bytes 分オーバーラップしていて、それ以上オーバーラップできそうな場所が見つからなくて、現状コードとデータは全部ヘッダに埋まってるんで、まぁ限界かなぁとか。